В остром периоде гонореи применяется бактериоскопическое исследование гноя, анализ берется из уретры от мужчины или шейки матки женщины (пробы окрашивают 1% водным раствором метиленового синего или по Граму). При микроскопии находят характерную картину незавершенного фагоцитоза (кокки, захваченные фагоцитами, не перевариваются внутри них). Этого практически всегда хватает для постановки диагноза. для обнаружения возбудителя практически всегда применяют прямой и непрямой вариации РИФ.

При хронической гонококковой инфекции персистирующие в организме половые инфекции наиболее подвержены полиморфизму (бывают маленькие и большие клетки, и палочковидные формы) и образованию L-форм: отделяемое гноем у заболевшего очень скудное или совсем отсутствует. Как результат главным методом определения при хронической гонорее является бактериологический, который более всего эффективен после применения методов провокации (химический, механический, алиментарный методы, и биологический метод с использованием гонококковой вакцины). Провокация сводит к не биологическому обострению инфекционной болезни и появлению гнойного отделяемого, которое и берется для исследования методикой соскоба.

Полученный материал засевают на свежие питательные среды с применением нативных белков крови, сыворотки или асцитической жидкости. Инкубация посевов проводится в атмосфере с большим содержанием СО2. Колонии, подозрительные на гонококковые, изучают на содержание каталазы изучают морфологию и тинкториальные характеристики микроорганизмов. Для определения полученой культуры делают также некоторые биохимические тесты.

Для определения синегнойной инфекции делают бактериологический метод.

Исследуемый материал (гной, содержимое раны, моча забранные от заболевшего, или ЛС, ЛП, очищенная вода аптек) засевают на простой питательный агар, среду Эндо или ЦПХ-агар (среду, включающую цетилпиридиний-хлорид), которая инфекции, угнетая сопутствующую микрофлору.

Идентификацию полученой культуры проводят по группе тестов:

- при микроскопии мазков находят грамотрицательные не образующие спор подвижные палочки;
- существование зеленого пигмента (или иных пигментов);
- от культуры исходит запах жасмина;
- не отрицательный тест на оксидазу (на индикаторную бумагу петлей кладут культуру, через 1-2 минуты появляется сине-фиолетовое окрашивание);
- тест на окисление глюкозы (проводят посев культуры уколом на среду Хью-Лейфсона с глюкозой в две тары, одну из них заливают вазелиновым маслом; пробирки выдерживают в термостате 24 часа. Смена цвета среды из травянисто-зеленой в желтый в верхней части среды в пробирке без вазелинового масла свидетельствует об окислении глюкозы. Под маслом вазелина цвет среды не меняется (ферментация).